Karl werd geboren in Rees aan de Rijn op 28 februari 1915. Samen met zijn broer en drie zussen groeide hij op in een katholiek gezin, dat aan de kinderen zowel geborgenheid als godsvrucht schonk, maar ook plezier aan de natuur, aan muziek en spel. Door de overplaatsing van de vader als secretaris bij het gerecht ging het gezin in 1921 in Kleef wonen. Toen hij op het gymnasium was, werd de jonge man, die heel open was, op 12 jarige leeftijd lid van de katholieke jeugdbeweging. Op trektochten en bij het kamperen leerde hij zijn omgeving kennen, dichtbij en veraf. Grote vakantietochten maakten zijn geestelijke blik wijds. Hij ondervond de blijdschap om onder gelijkgezinde kameraden te zijn; open voor contact stond hij in hun midden, en al vlug openbaarde zich zijn talent voor groepsleiding. Maar de jeugdbeweging schonk hem nog meer: ze bracht hem dichter bij de H. Schrift en vooral de H. Eucharistie. Zijn geestelijk leven begon zich te ontvouwen, zij het niet zonder de strijd vana elke dag om dienstbaarheid en zelfbeheersing. Toen hij 16 was hield hij zijn eerste retraite bij de Benedictijnen in Gerleve; zijn persoonlijke verhouding tot Christus begon te groeien. Tijdens de retraite in Schönstatt, twee jaar later, beleefde hij een verdieping van de devotie tot Maria. De Schönstatt spiritualiteit inspireerde hem tot een strengere ordening van zijn dagelijks leven. Als leerling van een van de hoogste klassen van de Middelbare school maakte hij het begin van het "Derde Rijk" mee. Zijn werk voor de jeugd werd nu zeer doelgericht. Hij probeerde zoveel mogelijk jongeren voor Christus te winnen, om ze voor het spook van de Nazi-ideologie te behoeden. In zijn dagboek - hij was er al in zijn jonge jaren mee begonnen - noteerde hij in deze tijd: "Christus, U bent mijn hartstocht". In de herfst voor het examen nam hij definitief het besluit, theologie te gaan studeren, om priester te worden. In mei 1934 begon hij in Münster de studie en woonde met 80 jonge mensen van zijn studiejaar in het theologenconvict.
In het tweede semester kreeg hij van Bisschop Clemens August Graaf von Galen de opdracht tot het ambt van jeugd-groepsleider van het diocees. Onder dit jeugdwerk hoorden jongens van 10 - 14 jaar. Karl Leisner nam de opdracht in gelovige bereidheid aan, maar was zich tegelijkertijd ook bewust van het gevaar, dat daaruit voort kon vloeien. De Gestapo kreeg hem in de gaten, want al het jeugdwerk dat niet bij de Hitlerjugend hoorde, was vogelvrij verklaard. De beide semesters van het derde studiejaar bracht hij in Freiburg in Breisgau door. Het was het rijk jaar met een bedevaart naar Rome in de Pinkstervakantie, maar tegelijkertijd ook een zwaar jaar: hevige innerlijke strijd beroerde hem bij de vraag of hij werkelijk tot het priesterschap geroepen was. Al gauw waren er nieuwe moeilijkheden te overwinnen: in de zomer van 1937 moest hij zijn verplichte arbeidsdienst vervullen, eerst in Saksen, dan in het Emsland. Zonder compromissen stond hij als christen en priesterstudent in een nagenoeg onchristelijke omgeving.
Hij keerde weer naar Münster terug teneinde zijn studie voort te zetten. Langzamerhand werd zijn roeping duidelijker, zijn innerlijk leven vormde hij bewust christocentrisch. In het seminarie schreef hij in zijn dagboek: "Dit is de uiteindelijke zin van mijn leven: Christus te leven in deze tijd. Christus, als U niet bestaat, dan hoef ik er ook niet te zijn".

Op het seminarie stond Karl Leisner voor de hogere wijding, wat voor elke seminarist een spannende, verheven tijd was. Voor het begin van de studie had hij in zijn dagboek geschreven: "In stille uren van strijd heeft de eeuwige Hogepriester Jezus Christus mij tot de genade van Zijn Priesterschap geroepen. Je ziel moet branden voor het Rijk Gods en het heil van de zielen."
Tegelijk met zijn entree in het convict heeft hij zich voor dit doel ingezet. Toen hij het veeleisende studie-semester, gepaard met zware innerlijke strijd om duidelijkheid wat betreft zijn roeping, achter de rug had, en na de verplichte arbeidsdienst en innerlijke loutering en rijping, ontving hij op 4 maart 1939 de Subdiakenwijding en op 25 maart de Diakenwijding. Binnen enkele maanden zou hij tot priester gewijd worden.
Maar toen werden in één klap alle plannen doorkruist. Bij een medisch onderzoek kwam geheel onverwacht een ernstige longtuberculose aan het licht. Onmiddellijk moest hij zijn studie onderbreken. Voor hem een schok. Zou hij nog ooit zijn doel bereiken? Was hij nu afgeschreven, iemand die door de dood getekend was? Tuberculose was toen nog een gevreesde ziekte. De klas bereidde zich verder voor op de wijding, maar hij moest het seminarie verlaten. Onderweg naar het sanatorium in St. Blasien in het Zwarte Woud nam hij in de trein voor Koblenz een besluit: hij onderbreekt de reis en gaat naar het dichtbij-gelegen bedevaartsoord van de Schönstattbeweging. Daar in de kapel te Vallendar, voor het beeld van OLV knielt hij neer. Zijn gebed begint in nood en terneergeslagen, maar het verandert in vertrouwen. "Beschik volkomen over mij", zo bidt hij tot de Vader met Maria, de dienstmaagd des Heren. Wat hij twee jaar tevoren, in moeilijke uren, voor het genade-prentje in Kevelaer verklaard had, herhaalt hij hier. Fiat voluntas tua (Uw Wil geschiede) - zeg dat tegen Uw Zoon, liefste Moeder. En moge Hij mij schenken, dit onvoorwaardelijke 'ja' zeggen op Gods Wil. Hij weet, het gaat om leven en dood. Maar gedragen door vertrouwen op God, reist hij verder naar St. Blasien.
Het kruis - Karl had al voor zijn diakenwijding in zijn dagboek genoteerd: "De tijd eist je op! Het gaat om het laatste geheim in je. En dat roept je naar het altaar...Ik kan en wil niet anders meer al kost het me het leven van het kruis: en dat kost mij zeker meer dan ik onder woorden kan brengen". Dat kruis was met de longtuberculose over hem gekomen. Maar het zou hem nog dieper treffen. In het najaar was hij aan de beterende hand, zodat hij ontslagen zou worden. Toen gebeurde er iets verschrikkelijks! Op de avond van de 8e november 1939 was er een mislukte aanslag op Hitler gepleegd. Toen een medepatient hem de volgende morgen daar in alle vroegte over inlichtte, luidde zijn spontane reactie: "jammer". Met dat woord kwam hij voor de waarheid uit; met het melden van deze uitlating was er onheil over hem losgebroken. 's Morgens meteen verhoor door de plaatselijke groeps- en kringleider, 's middags transport naar de gevangenis in Freiburg. Opgesloten in een cel is hij van de wereld en de mensen gescheiden. Harde weken tot na Kerstmis. Na een tijdelijk verblijf in de gevangenis van Mannheim volgt van daaruit op 15 februari 1940 de internering in het concentratiekamp Sachsenhausen. Als de Gestapo-ambtenaar hem het rode 'Schutzhaft'-formulier laat zien, weet Karl Leisner dat hij opnieuw op de drempel van leven en dood staat. Na zware maanden in Sachsenhausen wordt hij in december 1940 met alle gevangen priesters naar Dachau overgebracht. Voor elke gevangene was het kamp pijnlijk en wreed, voor hem, door een longziekte aangetast, betekent het het einde. Zo staat de 25-jarige diaken er voor in het domein van de barakken, door prikkeldraad omgeven, gekweld door bewakers, die van haat vervuld zijn, terwijl hij de ondergang tegemoet gaat. In de zomer van 1942 is hij lichamelijk zo geruïneerd, dat hij verplaatst moet worden naar de ziekenbarak. Het is een zaal, waarin 120 tot 150 longlijders en stervenden opeen gepakt zijn. Hier, waar hij aan de dood prijsgegeven is - het ziekteproces bereidde zich verder uit, de SS artsen zochten hun slachtoffers uit onder de zieken - hier kan hij alleen nog zijn lijden aan God opofferen. Hij leeft volgens het woord van de apostel Paulus: "Ik vul aan in mijn lichaam wat aan het Lijden van Christus ontbreekt".
De Heilige Schrift begeleidde hem bij de verplichte arbeidsdienst in Sachen. Vooral de apostel Johannes spreekt hem erg aan. Het nieuwe Testament lag onder zijn hoofdkussen. Hij leest alles nog intensiever in de ziekenbarak.
Pater Pies, de medegevangene van Karl Leisner en tevens zijn verzorger, rapporteert erover, hoe de arme diaken daar lag tussen leven en dood, omgeven door het gekreun en gejammer van zieken en stervenden. Karl bad om kracht en wist zich geborgen in de Liefde van Christus.
Gedurende de laatste tien dagen voor zijn Priestewijding hield Karl retraite in het rumoer van de overvolle ziekenbarak. Hij was verzonken in de Evangelies vooral dat van Johannes met zijn boodschap over het Priesterschap van Jezus Christus, het Avondmaal met de troostwoorden en vermaningen van de Heer.
Karl Leisner ging een lange harde weg van 5 1/2 jaar ziekte, gevangenschap en kamp. Na bittere dagen van isolering in de gevangenis van Freiburg noteert hij op 19 november 1939: "Heilige Mis met Communie - wat kan men toch waarderen wat men lang heeft moeten ontberen." Vanuit Sachenhausen, een hel van onmenselijkheid kan hij naar huis berichten dat er sinds de 5e augustus elke morgen een heilige Mis is en dat hij als diaken de H. Communie mag uitreiken.
Hetzelfde geldt voor Dachau. Sinds januari 1941 mocht men daar dagelijks Eucharistie vieren. Pater Pies noemt het Catacomben-mis. In alle vroegte voor het ochtendappel haalden de priesters in de H. Mis de kracht voor de dag. Niemand wist of hij de avond wel zou halen. Karl was één van hen.
Toen de nood het hoogst was werd zijn band met de Eucharistie nog inniger. Hij bewaarde de Hostie meegebracht door priesterkameraden stiekem onder zijn hoodkussen in een blikje, zo had hij de Heer dag en nacht bij zich. Maar hij zou nog inniger verbondenheid met de Eucharistie krijgen. In de herfst van 1944 werd de Franse bisschop Gabriel Piguet als gevangene geinterneerd. Hij was bereid, Karl Leisner, die getekend was door de dood, tot priester te wijden. Na de voorbereidingen die vol gevaar waren verrichtte hij de Wijding op de derde zondag van de advent, op 17 december 1944. Hij voltrok de priesterwijding in armoede en waardigheid, in aanwezigheid van veel gevangen priesters, zonder medeweten van de SS bewakers. Voor Karl waren dit de mooiste uren van zijn hele gevangenschap. Nu mocht hij zelf in opdracht van de kerk de H. Eucharistie vieren. Op het feest van St. Stefanus, op 26 december droeg hij zijn eerste H. Mis op. Deze werd tegelijkertijd ook zijn laatste. Door zijn zwakke gezondheid was hij niet meer in staat te celebreren. In die oorlogswinter van 1944 / 1945 kwijnde hij weg aan ernstige longtuberculose. 
Eind april 1945 veroverden de Amerikanen het kamp. Karl kon als ernstig zieke naar het sanatorium Planegg bij München gebracht worden. Hier ontving hij de Eucharistie als Viaticum op zijn laatste weg.
Toen dan na het einde van de oorlog en van Naziheerschappij de kerk in Duitsland weer vrij kon werken en de grote wederopbouw begon, lag Karl stervend in het sanatorium. Bij de priesterwijding had hij de opdracht gekregen om de boodschap van de Heer te verkondigen, maar in het nieuwe Duitsland, dat de boodschap zozeer nodig had, kon hij de opdracht niet meer uitvoeren. Hij had de volmacht gekregen de Eucharistie op te dragen, teneinde de beproefde mensen tot een leven in Jezus Christus te leiden, maar hij kon die zelf niet meer opdragen. Hij had nog één keer even de hoop dat hij gezond zou worden. "Ik ben blij dat ik mag zegenen. God, leid me spoedig weer eens naar het H. Altaar, dat ik U, allerliefste Vader, uw geliefde Zoon mag offeren. O, wat verlang ik ernaar!" Maar hij wist ook dat hij spoedig zou sterven. Hij kon slechts zichzelf offeren. Hij ging een weg naar de hoogte van het Kruis, bij zou eindigen in de heerlijkheid Gods. Zijn overgave werd tot gebed voor ons allen. Naar voorbeeld van OLV, zou hij deel hebben aan het kruis van haar Zoon. Op het einde van zijn leven leest hij een boek over Europa, hij schrijft: "jij arm Europa, terug naar je Heer Jezus Christus! Terug naar de frisse Bron van de goddelijke, waarachtige kracht! Heiland laat mij daarbij voor U een beetje instrument zijn, o, ik smeek het U!" Op 12 augustus 1945 is zijn offer volbracht. Hij geeft zijn leven voor de jeugd, voor de bloedende mensheid, voor een nieuw christelijk Europa.